Основным методом работы комиссии и ее подкомиссий (не доверяя анкетам и бумагам) было личное общение с военнослужащими в частях и учреждениях. При этом велась широкая разъяснительная работа через газеты, чтобы беспартийные командиры и комиссары, не стоящие на троцкистских позициях, не опасались за свое будущее: они могут стать полноценными единоначальниками.
Параллельно с этой очистительной работой проводилась широкая агитационно-пропагандистская работа — в частях снимались транспаранты и плакаты, изображающие Троцкого как “вождя Красной Армии”, менялась тематика политза-нятий (вместо темы “Троцкий — вождь Красной Армии” предлагалась “Вождь Красной Армии — РВС СССР”. Позднее и это было заменено — на “руководство партией”. Брошюра Бубнова “Воинская дисциплина и партийная организация” ставила все точки над “и”, утверждая приоритет за парторганами в армии.
В ноябре 1924 года состоялось совещание начальников по-литорганов армии и флота (обновленных и очищенных), в резолюции совещания осуждался троцкизм и его намерение оторвать армию от партии, предлагалось поставить на пленуме ЦК вопрос о снятии Троцкого с высоких постов. В январе 1925 года Пленум ЦК рассмотрел это предложение, поддержанное парторганизациями Москвы, Минска, Киева, Тбилиси, Баку и других городов, и освободил Троцкого от обязанностей председателя РВС и наркомвоенмора СССР. На эту должность был назначен М. В. Фрунзе, а его заместителем — К. Е. Ворошилов.. Наконец-то, впервые за войну, они шли вперед, чего так долго ждали вся армия и весь советский народ!