Кабинет Михаила Фрадкова. Неофициальный взгляд на официальных людей   ::   Мухин Алексей Алексеевич

С октября 1997 года — вице-президент, с сентября 1998 года — президент Союза российских городов. Президент Союза (Ассоциации) городов Сибири и Дальнего Востока.

С января 1998 года — член правительственной комиссии по реформированию жилищно-коммунального хозяйства в РФ. 20 мая 1998 года был назначен представителем РФ в Палате местных властей Конгресса местных и региональных властей Европы.

5 сентября 1999 года был вновь избран мэром Омска, набрав 63,7% голосов. 9 сентября 1999 года в Москве прошло собрание инициативной группы по созданию общественного движения «Города России». Рощупкин возглавил инициативную группу.

Позже он вступил с губернатором Полежаевым в конфликт. В июле 2000 года руководители 85 организаций, в том числе 7 депутатов законодательного собрания, Омской области обратились к Рощупкину с просьбой добровольно уйти в отставку в течение месяца, поскольку по вине мэра в области не ведется подготовка хозяйства к зиме, кроме того, по их словам, усиливается конфронтация с государственными органами власти и внутренние конфликты в мэрии.

С декабря 2000 года — заместитель председателя Государственного комитета РФ по строительству и жилищно-коммунальному комплексу (Госстрой). В связи с назначением на этот пост сложил с себя полномочия мэра Омска.