Правители России: Старая площадь и Белый дом   ::   Мухин Алексей Алексеевич

В ноябре 1992 года, вскоре после назначения Сергея Шахраяглавой временной администрации в зоне чрезвычайного положения на территории Северной Осетии и Ингушетии Ельцин временно освободил Котенкова от выполнения его основных обязанностей и назначил заместителем главы администрации. 17 декабря 1992 года Котенков был назначен главой администрации этого района. Занимал этот пост до 27 марта 1993 года, когда указом Ельцина была изменена (в сторону сокращения) зона действия режима чрезвычайного положения.

В октябре 1993 года принял участие в учредительной конференции возглавляемой Сергеем Шахраем Партии российского единства и согласия (ПРЕС), избран членом ее Федерального Совета.

16 декабря 1993 года был уволен с должности начальника ГПУ без объявления причин. С 14 февраля 1994 по февраль 1996 года — заместитель министра по делам национальностей и региональной политики. С 10 января 1995 года — статс-секретарь, член Представительства Правительства РФ в Федеральном Собрании РФ.

В феврале 1996 года был назначен Представителем Президента РФ в Государственной Думе РФ.

27 мая 2000 года на учредительном съезде партии «Единство» был избран членом политсовета партии.

5 июня 2000 года был вновь утвержден в должности Полномочного Представителя Президента РФ в Государственной Думе.

5 апреля 2004 года был назначен Полномочным Представителем Президента РФ в Совете Федерации ФС РФ.

Президент Всероссийской федерации парусного спорта. Имеет воинское звание генерал-майор.