Но его предали два человека, сопровождавшие его, и по приказу герцога его отвезли в Гролэ, где он пробыл в тюрьме два года. Путешествия не спасали Бонивара от беды: так как несчастия не ослабили его преданности Женеве и он продолжал быть страшным врагом для всех ее недругов, то и подвергался всегда опасности преследований с их стороны. В 1530 году в горах Юры на него напали воры, ограбили его и препроводили к герцогу Савойскому. Последний заточил его в Шильонский замок, где Бонивар пробыл, не будучи ни разу подвергнут допросу, до 1536 года, когда его высвободили из тюрьмы бернские войска, завладевшие всем кантоном Ваад (Pays-de-Vaud).
Выйдя на свободу, Бонивар был обрадован тем, что увидел Женеву свободной и преобразованной; республика поспешила выказать ему свою благодарность и вознаградить его за вынесенные им бедствия: в июне 1536 года он был возведен в звание женевского гражданина, республика принесла ему в дар дом, где некогда жил генеральный викарий, и назначила ему пенсион в двести золотых экю на все время его пребывания в Женеве. В 1537 году он был выбран членом Совета Двухсот.
Бонивар продолжал служить на пользу своих сограждан: позднее, после того как он помог Женеве стать свободной, ему удалось также сделать ее веротерпимой. Бонивар убедил Совет предоставить духовенству и крестьянам достаточно времени для обсуждения сделанных им предложений; он достиг цели своей мягкостью; Для того чтобы успешно проповедовать христианство, нужно действовать любовью и кротостью.. Николюкин