Журнал Компьютерра - 3 от 24 января 2006 года   ::   Компьютерра

Тем не менее FaD удалось привлечь достаточное количество энтузиастов, чтобы несколько лет обсчитывать серьезные задачи.

Напомним, что суть компьютерного поиска новых лекарств состоит (упрощенно) в следующем. Ученые-медики составляют список «мишеней», которые нужно поразить. Как правило, это белки, чьи молекулы очень велики и имеют сложную трехмерную структуру. Ученые знают, что эти белки играют ключевую роль в заболевании, и предполагают, что если к ним присоединить другую молекулу, их свойства изменятся и развитие болезни в организме остановится. Далее берется огромная библиотека моделей химических веществ-кандидатов и моделируется их взаимодействие с белком-мишенью. Специальные алгоритмы оценивают, насколько прочно молекулы могут соединяться с мишенями, и если этот показатель достаточно велик, значит, реакция возможна и в реальном мире.

Подобное моделирование можно вести с разной точностью, но в любом случае оно требует гигантских вычислительных ресурсов. Find-a-Drug использовал в своей работе симуляционный алгоритм THINK, аналогичный проекту GRID.org, но оптимизированный под свои задачи. В разное время просчитывались белки, участвующие в развитии малярии, СПИДа, рассеянного склероза, некоторых форм рака, болезни Кройцфельда-Якоба (коровьего бешенства) и атипичной пневмонии.

Всего в проекте было обработано 250 «мишеней», для поражения которых на машинах участников было проверено более 68 млрд. реальных и пока еще не созданных молекул.