Верховным божеством города, «отцом богов» и повелителем вселенной, был Ашшур, главным жрецом которого был сам царь. Однако раскопки Андре позволили установить, что до него на протяжении почти тысячи лет в местном пантеоне господствовала богиня Иштар (Ашторет, Астарта), известная у шумеров под именем Иннин. Именно ей было посвящено самое древнее святилище города, которое, очевидно, существовало уже с самого начала ассирийской истории. Однако этот древнейший храм был варварски разрушен. Точно неизвестно, сделали ли это иноземные завоеватели, или сторонники культа Ашшура. Во всяком случае, в конце XIII века до н. э. царь Тукуль-тининурта I велел сровнять остатки древнего святилища Иштар с землей.
Примерно через 400 лет (в IX в. до н. э.) царь Салманасар III восстановил храм Иштар на старом месте и по образцу святилищ четырехсотлетней давности. Три века спустя на развалинах этого храма последний ассирийский царь Ашшурбанапал возвел новое святилище, посвященное Иштар. Изображения этой богини — обычно в виде обнаженной женщины с косами, ниспадающими на грудь, — часто попадались археологам на земле Ашшура.
Археологи нашли также следы существовавшего здесь некоторое время особенного культа животных. В Ашшуре, подобно многим другим цивилизациям Месопотамии, существовал древний культ быка-пахаря. Именно бык стал символом Ассирии. Из шкуры ритуально умерщвленного черного быка изготовлялся ритуальный бубен.