Правители России: Старая площадь и Белый дом   ::   Мухин Алексей Алексеевич

С января по май 1999 года работал в собственной юридической фирме «Нева-Юст». Переехал в Москву по личному приглашению Владимира Путина . В мае-августе 1999 года — заместитель главы Администрации Президента РФ по правовым вопросам. В 1999 году — председатель Совета директоров ОАО «Международный инвестиционный финансовый союз».

12 августа 1999 года распоряжением в.р.и.о. Председателя Правительства РФ был назначен первым заместителем руководителя Аппарата Правительства РФ. Одновременно был назначен и.о. руководителя Аппарата Правительства РФ вместо ушедшего в отпуск Андрея Черненко. 19 августа 1999 года был назначен руководителем Аппарата Правительства РФ — министром РФ.

22 сентября 1999 года был утвержден председателем Российской части Межправительственной Российско-Бразильской комиссии по торгово-экономическому и научно-техническому сотрудничеству вместо А.Черненко.

В ноябре-декабре 1999 года возглавлял предвыборный штаб Владимира Путина. В начале января 2000 года уступил это место заместителю руководителя Администрации Президента Дмитрию Медведеву .

В декабре 1999 года на Козака была возложена организация работ по разработке проекта стратегического развития России до 2010 года. Организацией работы занимался также фонд «Центр стратегических разработок» Германа Грефа .

16 мая 2000 года был предложен Советом Федерации кандидатом на должность Генерального прокурора РФ, однако Президент В.